Геномная технология проливает свет на серотипы сальмонелл в племенных стадах

Теперь возможны более целенаправленные меры контроля.

Технология под названием CRISPR-SeroSeq, которая амплифицирует часть генома сальмонеллы, помогает нарисовать более четкую картину серотипов, циркулирующих в племенных стадах. Полученные знания могут помочь производителям птицы разработать более целенаправленные меры контроля.

По данным Института Броуда в Кембридже, штат Массачусетс, «CRISPR» (произносится как «криспер») означает сгруппированные регулярно расположенные короткие палиндромные повторы. «CRISPR является отличительной чертой системы защиты от бактерий, которая составляет основу технологии редактирования генома CRISPR-Cas9», — отметили в институте. Позже было обнаружено, что паттерны CRISPR, специфичные для серотипа, можно использовать для анализа популяции. Метод называется «CRISPR-SeroSeq» (серотипирование путем секвенирования CRISPR).

Используя CRISPR-SeroSeq, подход, основанный на полимеразной цепной реакции, был разработан группой исследователей из Университета Джорджии под руководством доктора наук Никки Шариат. Команда проанализировала 324 образца из племенных стад с юго-востока, выделив смесь 35 различных серотипов.

Хотя Salmonella Kentucky выявлялась чаще всего, углубленный анализ выявил несколько серотипов, связанных с болезнями пищевого происхождения, таких как Enteritidis, Infantis, Typhimurium и Braenderup.

«Благодаря более глубокому анализу присутствующих серотипов мы надеемся, что [мы сможем] предсказать серотипы, когда они начнут появляться у домашней птицы, чтобы разработать стратегии борьбы с сальмонеллой для этих конкретных серотипов», — сказала Шариат изданию Poultry Health Today.

Живое производство, выявлены различия в обработке

Еще одним аспектом работы команды было сравнение данных Службы безопасности и инспекции пищевых продуктов (FSIS) Министерства сельского хозяйства США, собранных на перерабатывающих предприятиях, с данными о живом производстве в Джорджии.

В то время как около 90% серотипов, обнаруженных в живом производстве, были Salmonella Kentucky, серотипы, связанные с заболеванием у людей, имеют гораздо более высокое присутствие в результатах FSIS пропорционально.

«[Мы думаем] Salmonella Kentucky — это серотип, который лучше приспособлен к выживанию… возможно, к тому времени, когда эти бройлеры будут перерабатываться, Kentucky будет разобран. Он устраняется более эффективно с помощью этих вмешательств на заводе по сравнению с другими серотипами, и именно тогда вы начинаете видеть эти другие серотипы», — сказал Шариат.

Более глубокий анализ дает полную картину

Она отметила, что интерес к CRISPR-SeroSeq «действительно возрос», поскольку среди производителей в различных пищевых системах растет осознание того, что сальмонелла часто встречается в смешанных популяциях.

Она продолжила, отметив, что традиционные культуральные подходы вряд ли обеспечат достаточно высокое разрешение для их обнаружения. Геномный подход может также помочь регулирующим органам в потенциальной разработке стратегий контроля, специфичных для серотипа.

«Если традиционная методология позволяет вам идентифицировать только Kentucky и не позволяет вам заглянуть глубже, то это ограничивает типы контроля, которые вы можете использовать», — добавила она.


Источник: pticainfo.ru